《核心危机 最终幻想VII》的主人公是在《最终幻想VII》以及《最终幻想VII AC》中的回忆中出现的扎克斯，也就是说《核心危机 最终幻想VII》的故事是发生在《最终幻想VII》之前。

　　在本作中将会有一位新角色安吉尔登场，他身穿着与扎克斯相同的服装，看来也是一名士兵，而他身后所背负的大剑看起来很像是克劳德所使用的大剑，那么他与克劳德的关系是怎样的呢？克劳德的强敌萨菲罗斯也将在本作中登场，看起来当时的他与扎克斯是好友。另外，塔克斯的成员茨奥也将在本作中登场。